Khái niệm chương trình mục tiêu quốc gia ở Việt Nam đã và đang được quy định trong Luật Đầu tư công năm 2019, cụ thể tại khoản 9 Điều 3: "Chương trình mục tiêu quốc gia là chương trình đầu tư công nhằm thực hiện các mục tiêu kinh tế - xã hội của từng giai đoạn cụ thể trong phạm vi cả nước".

Theo đó, có thể hiểu chương trình mục tiêu quốc gia là một trong những chương trình thuộc lĩnh vực đầu tư công, được xây dựng để thực hiện các mục tiêu quan trọng về kinh tế - xã hội của đất nước theo từng giai đoạn cụ thể trên phạm vi toàn lãnh thổ Việt Nam. Đồng thời, Điều 17 Luật Đầu tư công năm 2019 cũng đã quy định rằng Quốc hội là chủ thể có thẩm quyền quyết định chủ trương đầu tư chương trình mục tiêu quốc gia (theo điểm a khoản 1 Điều 17).

Về nguyên tắc quản lý, tổ chức, hiện nay việc quản lý, tổ chức thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia hiện nay được tiến hành theo 05 nguyên tắc cơ bản như sau:

Thứ nhất, việc quản lý, tổ chức thực hiện phải phù hợp với quy định của pháp luật về quản lý đầu tư công, ngân sách nhà nước và các quy định của pháp luật có liên quan.

Thứ hai, thực hiện đúng trách nhiệm của các bộ, cơ quan trung ương, chính quyền địa phương ở các cấp, người đứng đầu cơ quan, đơn vị và các tổ chức có liên quan trong quản lý, tổ chức thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia.

Thứ ba, đẩy mạnh phân cấp, trao quyền cho địa phương, nhất là cấp cơ sở nhằm nâng cao tính chủ động, linh hoạt của các cấp chính quyền trong quản lý, tổ chức thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia. Đồng thời, phát huy vai trò chủ thể của cộng đồng dân cư tham gia vào quá trình lập kế hoạch, tổ chức thực hiện và giám sát các chương trình mục tiêu quốc gia.

Thứ tư, thực hiện đồng bộ các biện pháp quản lý và tăng cường lồng ghép các nguồn vốn thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia, đảm bảo sử dụng vốn tập trung, tiết kiệm, hiệu quả. Khắc phục tình trạng đầu tư dàn trải, trùng lặp; tránh thất thoát, lãng phí và không để phát sinh nợ đọng xây dựng cơ bản.

Thứ năm, phải đảm bảo công khai, minh bạch trong việc quản lý, tổ chức thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia.